Друзья, подскажите какой метод в таком исследовании нужно пременить( и уместен ли тут дисперсионный анализ что - то я сомневаюсь, нужна помощь профи )
Суть эксперимента: есть пробирка с питательной средой и с определенной концентрацией вредного вещества(ВВ) (контроль), есть пробирка, где плюсом еще определенный штаммов (это опыт). Дальше добавили реагент, получили цветную реакцию с ВВ, померили оптическую плотность на спектрофотометре, получили значения оптической плотности контроля и опытных проб. В опытных пробах концентрация снизилась.
Микроорганизмов 8 видов, повторностей около 7
прикреплю файл, может нагляднее будет.
OD - оптическая плотность. rhamn, ferment, plant, AT-41, AT-44, 887, adol, bif - это обозначение штаммов. "Контроль" - это питательная среда с "вредным веществом" (ВВ), "Опыт" - это питательная среда с ВВ и с добавление штамма. % редукции - процент понижения ВВ среде - формула внесена в соответствие с методикой:
%= 100 - ODопыт / ODконтр x 100%

а что за проблема с дисперсионным анализом?

тут чисто себя проверить: Уместен ли он или нет и как правильно здесь данные оформить, чтобы его провести.

таблицу составить: фактор(или несколько факторов)-повторность-показатель

Мне не до конца понятна схема и цель эксперимента. Скажем для ACT-44 есть 3 набора: из 10, 3 и 4 пар значений. Что это - истинные повторности, а значения внутри блока - повторные измерения внутри данной повторности? Какова цель: доказать снижение концентрации или сравнить активности МО. Если второе, то эксперимент спланирован плохо; об этом же говорят сильные различия в числе проб для разных штаммов. Статистика, конечно, выручит, но вообще такие данные сгодятся для натурных исследованйи, но не для научного экперимента. Нужно было питательную среду с известной концентрацией ВВ разделить на несколько пробирок: скажем, 3 контрольных и по 3 засеянных каждым из интересующих штаммов. Не 2 в одном случае и 10 - в другом, а везде по 3. Вторую (а может и третью) реализацию эксперимента можно было провести аналогично, но на другой исходной концентрации ВВ. Получился бы маленький, но хороший эксперимент, который позволил бы ответить и на ваши вопросы и на вопрос об угнетении/активации деструкции ВВ при разных их концентрациях в среде.
В вашем же случае исходные концентрации ВВ для разных штаммом уже частично отличаются, а если продолжать собирать материал по другим штаммам аналогично - будут отличаться ещё сильнее. Теоретически это очень плохо, так как о степени редукции ВВ для разных штаммов вы пытаетесь судить по разным исходным концентрациям, т.е. грубо говоря, условия оценки степени редукции для разных штаммов различны и вы не контролируете этот фактор. Если бы я увидел такой материал на студенческой конференции, то просто бы сразу поставил все выводы докладчика (кроме вывода о самом факте редукции) под сомнение и ещё спросил бы чем докладчик руководствовался когда в одной повторности брал 2 пробирки, а в другой - 10. Если вы только в самом начале пути, то я бы на вашем месте отнёсся к полученным данным как к пилотным, написал бы по ним небольшую статейку и начал бы собирать материал заново и грамотно. К полученным данным дисперсионный анализ применить можно, только он не самый простой будет: с факторами "Штаммы" и "Повторности внутри Штаммов". Проценты предварительно нужно преобразовать угловым преобразованием, например фи-преобразованием (через арксинус), т.к. % распредлены априори ненормально.

сразу видно человека с научным мышлением. Это пока пилотное исследование.
Гипотеза - все штаммы с разной силой способны понижать уровень ВВ в среде, т.к. ВВ используется в метаболизме бактерий. Цель - определить наиболее сильный штамм в отношении понижать ВВ в середе культивирования.
Сейчас сделаю табличку!

Кстати, а как в программе статистика сделать Фи-преобразование. Я правильно понял тут будет анова с повторными измеринями?
Уважаемые коллеги. Проверьте , пожалуйста, я правильно переделал данные, чтобы они были годные к обработке? Там вкладка. переоформленные данные.

фактор последовательности в отдельной колонке от фактора микроба должен идти

p2004r, вы имеете ввиду так? Если нет, то можно Вас попросить подправить, на примере одного.

Я в этом пакете анализом повторных измерений не пользуюсь, по данным не подскажу. Преобразование можно сделать легко: в нижней части окна для новой переменной ввести формулу (там же есть подсказка как задавать). В формулу подставить нужную колонку данных (v1 - первая колонка, v2 -вторая и т.д.) Формулу - как в экселе, через меню выбора на первых порах. Типа = 2*arcsin(sqrt(v1)) если v1 - не в %, а уже в долях единицы. Короче можно проверить что правильно, если для 1 (100%) получится пи (3,14159), а для 0,5 (50%) - пи/2.

Вас понял. Сделаю преобразования. Пока тогда надеюсь, что p2004r покажет, как правильно фактор последовательности обозначать и в путь:)

Да, в программе Statistica для проведения ANOVA для повторных измерений эти повторные измерения должны быть организованы в отдельных переменных (колонках, как пишет р2004r). Но, прежде чем начать считать, нужно внести ясность, ответив nokh насчет этих повторностей или чистых параллелях. Примеры организации данных для различных дизайнов ANOVA
http://www.statistica.ru/home/portal/DataSet/default.htm
Возможно, вам и не нужен ANOVA для повторных измерений. Я вижу два фактора:
1. бактерии ? 8 уровней
2. концентрация ВВ ? 8 уровней.
Данные показывают, что есть зависимость % редукции и от типа бактерий и от концентрации ВВ.
Но, из за больших пробелов в планировании эксперимента не для всех бактерий можно показать наличие различий в их работе в зависимости от концентрации ВВ.
Например, для rham имеются данные о редукции в трех концентрациях, причем максимальная редукция отмечена для наименьшей концентрации:
1. 3 в отсортированном ряду) - 34,2 (95%ДИ 32,2-36,2).
2. 5 -20,0 (95%ДИ17,9-22,2)
3. 7 26,0 (95% 23,9-28,2)
Эти ДИ получены в общем дисперсионном комплексе, но вы можете провести только запланированные сравнения, например, исследовать влияние среды для одного штамма, при этом будут другие значения ошибки и ДИ

Для второго штамма plant также для меньшей концентрации редукция больше.

Из своего опыта, столь большие значения экстинции (>1,0), на которых вы работаете, не дают точных оценок концентрации веществ в спектрофотометрических методах. У вас должны быть либо коэффициенты молярной экстинции либо графики зависимости концентрации от экстинции. Как правило, нужно добиться таких разведений, при которых значения экстинции будут в диапазоне 0,2 -0,4

Некоторые Бактерии могут не работать при высоких концентрациях ВВ или при очень низких. Также вы ничего не пишете о времени инкубации, повторности, как раз, могут появиться в связи с изучением времени инкубации.

если настолько уверены, что порядок в повторных опытах не важен (то есть тыкали петлёй в эталонную культуру в первый, второй, третий ... и так далее, но это не важно), то вперед.

DrgLena, спасибо за помощь. Я это учту, но пока эти данные поверхносты.Там пахать и пахать в этой работе. Пока просто покажите образец заполнения последовательностей в экселе. Так как у меня ещё данные появились и будут появляться.
я так понял вы шт закодировали цифрами от 1 до 8 штаммы. но концентрация идет не от 1 до 8.
p2004r я и так, и так хочу посмотреть.

В ваших переоформленных данных штаммы я просто для простоты пронумеровала подряд, вроде 8 получилось. Концентрация ВВ минимальная с экстинцией 0,504 это у меня первая, а с макс. экстинцией, соответственно, последняя восьмя. Т.е. создала группирующую переменную по концентрации ВВ, получилось также 8 уровней.

а можете,пожалуйста, скинуть этот файл в формате .sta

я спрашиваю к тому что как получилось 8 уровней. Если там всего 3 числа 0,54, 0,62 и 1, 025. Главное в логику викнуть)

0,504
0,521
0,54
0,572
0,625
0,716
1,025
1,25

По моей логике у вас 8 значений концентрации ВВ

.sta файлы не могут быть загружены на этом форуме, посмотрите pdf

Вот теперь точно все уяснил. Да месяц отдыха мне мозг притормозил)) Спасибо Вам!

ещё такой вопрос, связан со статистикой. Решил просто поэкспериментировать с данными. Стал делать двух факторный дисперсионный анализ, где предиктором были название штаммов и концентрация ВВ( номинативные переменные там я это назвал) , а зависимая переменная процент редукции
прикрепляю скрин.

Но когда нажимаешь ок, выдается ошибка отсутствия дисперсии.

Что это значит и почему так происходит, до этого момента я легко делал этот мат.анализ, но на других данных.

Сделать легко двухфакторный дисперсионный анализ нельзя. Легко можно только кнопки нажимать не задумываясь, что же машина за вас делает. Посмотрите лекцию nokh по дисперсионному анализу, на форуме есть ссылка.

У вас нет данных на всех уровнях фактора концентрация для каждого штамма, о чем вам уже было указано, откуда же дисперсия возьмется, анализом которой и занимается ДА.
Задайте, например, уровни фактора для штаммов 1 и 2, для которых есть концентрация 3 и 7 (номера упорядочены в моем файле pdf), которые вы и должны задать. Тогда получите дисперсионное отношение для фактора штамм F=7,5 (р=0,01) и для фактора концентрация F=37,6 (p=0,000005). Но, для эффекта взаимодействия факторов F=0,7 (p=0,41).

А вы задали все уровни двух факторов по умолчанию.

Спасибо огромное . Я понял:)