Здравствуйте!
Есть некоторый параметр в виде таблицы 3х3. Это некие проценты. Они измерены до дезинфекции и после. По Clopper подсчитал ДИ процентов.
Различия в таблицах отсутствуют, но уж больно длинные планки ДИ на графике получились.
Может быть проще можно?
Спасибо.

Неправильно понял задачу. См. пост DrgLena

Нет параметра в виде таблицы, как нет и постановки задачи для анализа. Но можно пофантазировать, что имеются 3 группы, например, по степени разведения какой то заразы (высокая, средняя и низкая концентрация). И есть три типа воздействия на эту заразу в виде силикона А, силикона С и альгината. Зараза измеряется до и после воздействия, т.е. имеются связанные выборки и нужно оценить какое воздействие и в какой группе эффективнее действует. Чтобы оценить есть ли вообще воздействие можно использовать критерий Мак-Немара. Для сравнения групп между собой степени воздействия нужно оценить разность относительных частот до и после воздействия, и именно к этим разностям построить ДИ.
Я так поняла задачу, могу ошибаться

Подумал ещё. Наверное самый грамотный анализ в вашем случае - обобщённая линейная модель с биномиальной функцией отклика и грамотным заданием иерархического эффекта для повторного измерения. Про такое только читал, но не встречал где бы это разбиралось на примере.
А в чём графики строили? У меня такие пока только в KyPlot получаются, в R почему-то только до 3 групп включительно.