Подскажите пожалуйста литературу, программы? С чего начинать при сравнении двух групп исследований по показателям?

Со статистического планирования (дизайна) эксперимента. https://en.wikipedia.org/wiki/Design_of_experiments

Я думаю - с изучения литературы, например
- Реброва О.Ю "Статистический анализ медицинских данных"
- Петри А., Сэбин К. "Наглядная медицинская статистика".
- Зайцев В.М Прикладная медицинская статистика
- Лапач С.Н., и др. Статистические методы в медико-биологических исследованиях
- Гублер E.B. Применение непараметрических критериев статистики в медико-биологических исследованиях
- Котов Ю. Новые математические подходы к задачам медицинской диагностики
- Гланц С. Медико-биологическая статистика

В общем - книг много на разный вкус и уровень начальной подготовки.

Алия, Вам в помощь ресурс medstat.info - там Вы можете посмотреть, как провести сравнение двух групп, со всеми пояснениями по используемым критериям. Используемые способы зависят от того, какие у Вас данные - количественные или качественные. Только обращаю Ваше внимание на тот факт, что прежде чем сравнивать количественные данные, проверьте, какое они имеют распределение - нормальное или отличное от нормального (раздел по описательной статистике). Надеюсь, эта информация будет полезной!