Безусловно, что столь мощное и выразительное средство анализа данных, каковым является среда вычислений и визуализации R просто провоцирует "делать все не выходя за пределы R". Но надо не поддаваться соблазну такого "солипсизма" и "помнить о окружающем мире".

Для бесшовного (и бескровного взаимодействия с внешним окружением важна экосистема образованная сопутствующими продуктами и приложениями. Вот небольшой, но полный крайне зрелых высокоуровневых продуктов образующих такую экосистему, поддерживающую применение R на всех этапах работы.

https://www.openanalytics.eu/products/