Коллеги,
прошу проконсультировать по такому вопросу:
если у соискателя выборка неравновесна по Харди-Вайнбергу, означает ли это, что соискатель был настолько пристрастен, отбирая тематических больных, что такая выборка не то что нерепрезентативна, она вообще не подлежит дальнейшему анализу?
Или это - обычное дело? Типа "пустяки - дело житейское".
Благодарю.

Насколько мне известно, такое иногда случается, хотя редко и почему-то этого боятся, хотя в принципе почему-бы и нет. Если равновесие не соблюдается, возможно имел место отбор, причём не соискателем, а в самой популяции. Это интересно с биологической точки зрения: почему какие-то варианты оказались представлены чаще, а какие-то реже, чем они адаптивнее или наоборот. Также никто не отменял дрейф генов... Есть частное мнение коллеги, что отклонение от Харди-Вайнберга чаще встречается, когда работают c однонуклеотидными полиморфизмами. Но также встречали в литературе, что если равновесие не соблюдается - это сигнал к возможному некачественному анализу биоматериала. Учитывая, что неравновесность кем-то специально изучается, думаю, нужно поискать какой-нибудь обзорчик по этой теме, т.к. собственно софта для его анализа много: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%B5%...%BD%D0%BE%D0%B2 (наши считают в Арлекине).

Спасибо.
Но я исхожу из того, что неравновесность по сцеплению, отбор, дрейф, имбриндинг и прочие красивые вещи, непроверяемые в эксперименте, должны либо постулироваться (а как это запостулировать, не вызывая хохота аудитории?), либо обкладываться железобетонными популяционными исследованиями, доказывающими, что ее Величество Природа устроена именно так. Если таких постулатов a priori не делается даже в шутку, склоняюсь к тому, что соискатель просто не понимает, что делает...

Ап

Вот попалась на глаза часть монографии, из которой следует, что отклонения от равновесия Х-В - это скорее плохо, чем хорошо ) (начиная со с. 74).

Почему Вы решили, что аллели, связанные с болезнью, должны подчиняться равновесию Х-В ? При рецессивном типе наследования это не так - гомозигота может быть совсем нежизнеспособна.

А я пока ничего еще не решил.
Соискатель показывает мне 11 генотипированных пациентов из своих тематических больных. 11 генов. О том, что эти аллели связаны с болезнью, априорной информации нет.
Ни для одного из генов эта выборка не является равновесной по Х-В.
Ни для одной таблицы сопряженности гипотеза независимости признаков не отвергается даже на 10%-ном уровне.

Вот я и хотел бы знать: а что вообще надо/не надо думать в таких случаях?
А как определить: доминантный или рецессивный тип наследования?

Во всей этой генетике не силен, а соискатель - и того меньше.
Вот и работаем по принципу "Как рак рака учил передом ходить".

В общем, жду вашего ответа, как соловей лета.

Путем определенной схемы скрещиваний. Но то у тварей бездуховных. У человечков, очевидно, копаются в лесах гинекологических генеалогическом деревьев, и что-то подсчитывают.

Насчет равновесия Х-В - а оно точно строго соблюдается хоть где-то и хоть когда-то в естественных условиях? Терзают меня смутные сомнения в существовании панмиксии в дикой природе (человеческое общество - из той же оперы). Разве что при внешнем оплодотворении сидячих организмов, когда встреча половых продуктов происходит по воле ветра, волн и течений. Да и там будут влиять, например, гены, воздействующие на вкус икры. Так что все равно вряд ли.

Кусок определения из Педивикии:

...находящейся в вакууме и состоящей из сферических коней

ИНО, я все понимаю: вся эта панмиксия чем-то сродни нормальному распределению: "все о нем говорят, но мало кто его видел". Однако, я не слыхивал и не читывал, чтобы от него отмахивались как от чего то слишком уж завирального.

Но, вы, как я погляжу, в своем репертуаре. Только ваши кони не сферичные, а эллипсоидные, и находятся не в вакууме, а в атмосфере инертного газа. Однако хрен редьки не слаще.

Ну, вообще-то, в отличие от всяких там усеченных пуассоновских нулей, сейчас-то я сижу очень даже на своем коне, имя которому зоология. И, думается, знаю о нем всяко поболее большинства здесь собравшихся, не в обиду будь сказано. Поэтому смею утверждать, что панмиксия - это сильно хуже нормального распределения, потому как последнее (или, во всяком случае нечто, неотличимое от него на практике) таки в природе встречается, пусть и не так часто, как многим хотелось бы. А панмиксия встречаться не может, равно как и все то прочие, что я процитировал. Поэтому, вполне очевидно, что закон Х-В никогда и нигде не соблюдается. Наверное, есть какие-то ситуации, где небольшим несоблюдением можно пренебречь. Но уж удивляться его обнаружению точно не стоит. Чем оно может быть обусловлено? Да практически всеми известными законами популяционной и эволюционной биологии по отдельности и вкупе!

Небольшая иллюстрация на примере Хомо сапиенс: были ли в вашей жизни случаи зачатия ребенка с первым (первой) встречным (встречной)? Ну или там полового партнера датчик случайных чисел назначил? А у ваших знакомых? А у знакомых ваших знакомых? Нет? Так где ж эта панмикися прячется? Ау!!! Единственное, можно принять как допущение, что именно изучаемый нами ген, вообще никак и никогда не влияет на выбор партнера. Но это допущение посильнее "Фауста" Гёте допущений о нормальности, гомосrедантичности, сферичности и вообще каких-либо, обычно применяемых в статистике и раскритикованных вдоль и поперек за необоснованность. Более того, общая теория систем отвергает саму возможность подобной изоляции в реальном мире. Потому таки да: "слишком уж завирательно".