статистика в микробиологии, как правильно тут считать |
Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
статистика в микробиологии, как правильно тут считать |
15.08.2013 - 16:07
Сообщение
#1
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
Друзья, подскажите какой метод в таком исследовании нужно пременить( и уместен ли тут дисперсионный анализ что - то я сомневаюсь, нужна помощь профи )
Суть эксперимента: есть пробирка с питательной средой и с определенной концентрацией вредного вещества(ВВ) (контроль), есть пробирка, где плюсом еще определенный штаммов (это опыт). Дальше добавили реагент, получили цветную реакцию с ВВ, померили оптическую плотность на спектрофотометре, получили значения оптической плотности контроля и опытных проб. В опытных пробах концентрация снизилась. Микроорганизмов 8 видов, повторностей около 7 прикреплю файл, может нагляднее будет. OD - оптическая плотность. rhamn, ferment, plant, AT-41, AT-44, 887, adol, bif - это обозначение штаммов. "Контроль" - это питательная среда с "вредным веществом" (ВВ), "Опыт" - это питательная среда с ВВ и с добавление штамма. % редукции - процент понижения ВВ среде - формула внесена в соответствие с методикой: %= 100 - ODопыт / ODконтр x 100%
Прикрепленные файлы
|
|
15.08.2013 - 20:53
Сообщение
#2
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Друзья, подскажите какой метод в таком исследовании нужно пременить( и уместен ли тут дисперсионный анализ что - то я сомневаюсь, нужна помощь профи ) а что за проблема с дисперсионным анализом? |
|
16.08.2013 - 09:11
Сообщение
#3
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
тут чисто себя проверить: Уместен ли он или нет и как правильно здесь данные оформить, чтобы его провести.
|
|
16.08.2013 - 15:56
Сообщение
#4
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
тут чисто себя проверить: Уместен ли он или нет и как правильно здесь данные оформить, чтобы его провести. таблицу составить: фактор(или несколько факторов)-повторность-показатель |
|
16.08.2013 - 21:34
Сообщение
#5
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Друзья, подскажите какой метод в таком исследовании нужно пременить( и уместен ли тут дисперсионный анализ что - то я сомневаюсь, нужна помощь профи ) Суть эксперимента: есть пробирка с питательной средой и с определенной концентрацией вредного вещества(ВВ) (контроль), есть пробирка, где плюсом еще определенный штаммов (это опыт). Дальше добавили реагент, получили цветную реакцию с ВВ, померили оптическую плотность на спектрофотометре, получили значения оптической плотности контроля и опытных проб. В опытных пробах концентрация снизилась. Микроорганизмов 8 видов, повторностей около 7 прикреплю файл, может нагляднее будет. OD - оптическая плотность. rhamn, ferment, plant, AT-41, AT-44, 887, adol, bif - это обозначение штаммов. "Контроль" - это питательная среда с "вредным веществом" (ВВ), "Опыт" - это питательная среда с ВВ и с добавление штамма. % редукции - процент понижения ВВ среде - формула внесена в соответствие с методикой: %= 100 - ODопыт / ODконтр x 100% Мне не до конца понятна схема и цель эксперимента. Скажем для ACT-44 есть 3 набора: из 10, 3 и 4 пар значений. Что это - истинные повторности, а значения внутри блока - повторные измерения внутри данной повторности? Какова цель: доказать снижение концентрации или сравнить активности МО. Если второе, то эксперимент спланирован плохо; об этом же говорят сильные различия в числе проб для разных штаммов. Статистика, конечно, выручит, но вообще такие данные сгодятся для натурных исследованйи, но не для научного экперимента. Нужно было питательную среду с известной концентрацией ВВ разделить на несколько пробирок: скажем, 3 контрольных и по 3 засеянных каждым из интересующих штаммов. Не 2 в одном случае и 10 - в другом, а везде по 3. Вторую (а может и третью) реализацию эксперимента можно было провести аналогично, но на другой исходной концентрации ВВ. Получился бы маленький, но хороший эксперимент, который позволил бы ответить и на ваши вопросы и на вопрос об угнетении/активации деструкции ВВ при разных их концентрациях в среде. В вашем же случае исходные концентрации ВВ для разных штаммом уже частично отличаются, а если продолжать собирать материал по другим штаммам аналогично - будут отличаться ещё сильнее. Теоретически это очень плохо, так как о степени редукции ВВ для разных штаммов вы пытаетесь судить по разным исходным концентрациям, т.е. грубо говоря, условия оценки степени редукции для разных штаммов различны и вы не контролируете этот фактор. Если бы я увидел такой материал на студенческой конференции, то просто бы сразу поставил все выводы докладчика (кроме вывода о самом факте редукции) под сомнение и ещё спросил бы чем докладчик руководствовался когда в одной повторности брал 2 пробирки, а в другой - 10. Если вы только в самом начале пути, то я бы на вашем месте отнёсся к полученным данным как к пилотным, написал бы по ним небольшую статейку и начал бы собирать материал заново и грамотно. К полученным данным дисперсионный анализ применить можно, только он не самый простой будет: с факторами "Штаммы" и "Повторности внутри Штаммов". Проценты предварительно нужно преобразовать угловым преобразованием, например фи-преобразованием (через арксинус), т.к. % распредлены априори ненормально. |
|
17.08.2013 - 11:59
Сообщение
#6
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
сразу видно человека с научным мышлением. Это пока пилотное исследование.
Гипотеза - все штаммы с разной силой способны понижать уровень ВВ в среде, т.к. ВВ используется в метаболизме бактерий. Цель - определить наиболее сильный штамм в отношении понижать ВВ в середе культивирования. Сейчас сделаю табличку! |
|
17.08.2013 - 12:16
Сообщение
#7
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
Кстати, а как в программе статистика сделать Фи-преобразование. Я правильно понял тут будет анова с повторными измеринями?
Уважаемые коллеги. Проверьте , пожалуйста, я правильно переделал данные, чтобы они были годные к обработке? Там вкладка. переоформленные данные. Сообщение отредактировал psychologist - 17.08.2013 - 12:50
Прикрепленные файлы
|
|
17.08.2013 - 21:32
Сообщение
#8
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
Кстати, а как в программе статистика сделать Фи-преобразование. Я правильно понял тут будет анова с повторными измеринями? Уважаемые коллеги. Проверьте , пожалуйста, я правильно переделал данные, чтобы они были годные к обработке? Там вкладка. переоформленные данные. фактор последовательности в отдельной колонке от фактора микроба должен идти |
|
18.08.2013 - 08:54
Сообщение
#9
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
p2004r, вы имеете ввиду так? Если нет, то можно Вас попросить подправить, на примере одного.
Прикрепленные файлы
|
|
18.08.2013 - 17:29
Сообщение
#10
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1202 Регистрация: 13.01.2008 Из: Челябинск Пользователь №: 4704 |
Кстати, а как в программе статистика сделать Фи-преобразование. Я правильно понял тут будет анова с повторными измеринями? Уважаемые коллеги. Проверьте , пожалуйста, я правильно переделал данные, чтобы они были годные к обработке? Там вкладка. переоформленные данные. Я в этом пакете анализом повторных измерений не пользуюсь, по данным не подскажу. Преобразование можно сделать легко: в нижней части окна для новой переменной ввести формулу (там же есть подсказка как задавать). В формулу подставить нужную колонку данных (v1 - первая колонка, v2 -вторая и т.д.) Формулу - как в экселе, через меню выбора на первых порах. Типа = 2*arcsin(sqrt(v1)) если v1 - не в %, а уже в долях единицы. Короче можно проверить что правильно, если для 1 (100%) получится пи (3,14159), а для 0,5 (50%) - пи/2. |
|
18.08.2013 - 21:20
Сообщение
#11
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
Вас понял. Сделаю преобразования. Пока тогда надеюсь, что p2004r покажет, как правильно фактор последовательности обозначать и в путь:)
|
|
19.08.2013 - 10:45
Сообщение
#12
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
Да, в программе Statistica для проведения ANOVA для повторных измерений эти повторные измерения должны быть организованы в отдельных переменных (колонках, как пишет р2004r). Но, прежде чем начать считать, нужно внести ясность, ответив nokh насчет этих повторностей или чистых параллелях. Примеры организации данных для различных дизайнов ANOVA
http://www.statistica.ru/home/portal/DataSet/default.htm Возможно, вам и не нужен ANOVA для повторных измерений. Я вижу два фактора: 1. бактерии ? 8 уровней 2. концентрация ВВ ? 8 уровней. Данные показывают, что есть зависимость % редукции и от типа бактерий и от концентрации ВВ. Но, из за больших пробелов в планировании эксперимента не для всех бактерий можно показать наличие различий в их работе в зависимости от концентрации ВВ. Например, для rham имеются данные о редукции в трех концентрациях, причем максимальная редукция отмечена для наименьшей концентрации: 1. 3 в отсортированном ряду) - 34,2 (95%ДИ 32,2-36,2). 2. 5 -20,0 (95%ДИ17,9-22,2) 3. 7 26,0 (95% 23,9-28,2) Эти ДИ получены в общем дисперсионном комплексе, но вы можете провести только запланированные сравнения, например, исследовать влияние среды для одного штамма, при этом будут другие значения ошибки и ДИ Для второго штамма plant также для меньшей концентрации редукция больше. Из своего опыта, столь большие значения экстинции (>1,0), на которых вы работаете, не дают точных оценок концентрации веществ в спектрофотометрических методах. У вас должны быть либо коэффициенты молярной экстинции либо графики зависимости концентрации от экстинции. Как правило, нужно добиться таких разведений, при которых значения экстинции будут в диапазоне 0,2 -0,4 Некоторые Бактерии могут не работать при высоких концентрациях ВВ или при очень низких. Также вы ничего не пишете о времени инкубации, повторности, как раз, могут появиться в связи с изучением времени инкубации.
Прикрепленные файлы
|
|
19.08.2013 - 21:13
Сообщение
#13
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1091 Регистрация: 26.08.2010 Пользователь №: 22699 |
p2004r, вы имеете ввиду так? Если нет, то можно Вас попросить подправить, на примере одного. если настолько уверены, что порядок в повторных опытах не важен (то есть тыкали петлёй в эталонную культуру в первый, второй, третий ... и так далее, но это не важно), то вперед. |
|
20.08.2013 - 09:05
Сообщение
#14
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 125 Регистрация: 2.04.2012 Пользователь №: 23616 |
DrgLena, спасибо за помощь. Я это учту, но пока эти данные поверхносты.Там пахать и пахать в этой работе. Пока просто покажите образец заполнения последовательностей в экселе. Так как у меня ещё данные появились и будут появляться.
я так понял вы шт закодировали цифрами от 1 до 8 штаммы. но концентрация идет не от 1 до 8. p2004r я и так, и так хочу посмотреть. |
|
20.08.2013 - 15:45
Сообщение
#15
|
|
Группа: Пользователи Сообщений: 1325 Регистрация: 27.11.2007 Пользователь №: 4573 |
В ваших переоформленных данных штаммы я просто для простоты пронумеровала подряд, вроде 8 получилось. Концентрация ВВ минимальная с экстинцией 0,504 это у меня первая, а с макс. экстинцией, соответственно, последняя восьмя. Т.е. создала группирующую переменную по концентрации ВВ, получилось также 8 уровней.
|
|