Помощь - Поиск - Пользователи - Календарь
Полная версия этой страницы: Логистическая регрессия?
Форум врачей-аспирантов > Разделы форума > Медицинская статистика
Страницы: 1, 2
p2004r
Цитата(mamalita @ 6.12.2011 - 13:38) *
Все делаю как написано программа отвечает : не могу открыть соединение, не могу открыть файл, сохраняю его в расширении CSV(разделитель запятые)?
Теперь по теории. Понимаю что мне нужно что-то почитать желательно с примерами, может дадите ссылку. Потому что до момента разбиения на интервалы и определения количества попадания в эти интервалы МТС я поняла а дальше туман. Например новые данные для 1 случая 40010 это значит 4 попали в первый интервал, 1 в четвертый?


1. В предыдущем посте присоединен раровский архив, в нем готовый csv файл. Это он не читается примером команды из форума?

2. Вообще сохранять русские ексель данные в csv надо с разделителем ";" иначе конфликт с тем фактом, что десятичную точку в русском екселе заменяет запятая. И я по моему всегда удаляю из результата сохранения двойные кавычки в редакторе с помощью автозамены.

Теория

Мы выбрали группировку 0.5-1, 1-2, 2-3, 3-4, 4-5. Первый случай "1.0 1.0 1 1 4 NA".
По выбранным интервалам группировки 4 случая в первом интервале и 1 случай в четвертом.

Код
## поместить результат в result
result<-t(apply(mts,                #для таблицы mts                            
                  1,                #для каждой строки
                  function (x) hist(x,  # посчитать функцию из hist() где каждая строку как x
                                    plot=FALSE, # запретить выводит hist() рисунок
                                    breaks=c(0.5, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 5.0) # разбить по интервалам заданным точками
                                    )$counts      # взять из результата hist() только вектор числа попаданий в интервалы
                ) # apply() закончилась
         ) # поменять строки и столбцы местами (транспонировать)
mamalita
[quote name='p2004r' date='6.12.2011 - 15:30' post='12448']
1. В предыдущем посте присоединен раровский архив, в нем готовый csv файл. Это он не читается примером команды из форума?


И он тоже, на этот файл программа выдает туже ошибку.
p2004r
Цитата(mamalita @ 8.12.2011 - 19:58) *
И он тоже, на этот файл программа выдает туже ошибку.


1) вы его распаковали ?

2) какую команду вводите на загрузку?

скопируйте что происходит в окне ввода команд в ответ
mamalita
> data <- read.csv2("кол-во-размер-рецидив.csv")
Ошибка в file(file, "rt") : не могу открыть соединение
Вдобавок: Предупреждение
In file(file, "rt") :
не могу открыть файл 'Р?Р?Р?-Р?Р?-С?азР?Р?С?-С?Р?С?РёР?РёР?.csv': No such file or directory
>
>
Вот такие результаты выдает
p2004r
Цитата(mamalita @ 11.12.2011 - 21:22) *
> data <- read.csv2("кол-во-размер-рецидив.csv")
No such file or directory


попробуйте вот так, положив файл в папку на диск C:

data <- read.csv2("c:\\имя _папки_с_данными_на_диске_С\\кол-во-размер-рецидив.csv")
mamalita
Спасибо, данные ввелись. Вопрос 1. вместо имен переменных - абракадабра "Р?Р?Р?Р?С? Р?Р?Р..Р?Р? С?С?Р?Р?Р?РёР..С?Р.Р.Р?Р?С? Р?С.С?1 Р?С.С?2 Р?С.С?3 Р?С.С?4 Р?С.С?5 Р?С.С?6 С?С?Р?Р?Р.С?Р?С.Р..С?Р.Р.Р?Р?С? С?Р?С.РёР?РёР? С?С?Р?Р?" Что-то здесь не так?
2. почему после head(data) выводится только 6 переменных?
Дошла до части второй Вашего поста. Ввела все как указано вот что получила: > names(data)[1] "номер" "кол.во" "средний.размер" "мтс1"
Ошибка: неожиданный строковая константа в "names(data)[1] "номер""
Еще раз спасибо за Ваш нелегкий труд
p2004r
Цитата(mamalita @ 13.12.2011 - 10:34) *
Спасибо, данные ввелись. Вопрос 1. вместо имен переменных - абракадабра "Р?Р?Р?Р?С? Р?Р?Р..Р?Р? С?С?Р?Р?Р?РёР..С?Р.Р.Р?Р?С? Р?С.С?1 Р?С.С?2 Р?С.С?3 Р?С.С?4 Р?С.С?5 Р?С.С?6 С?С?Р?Р?Р.С?Р?С.Р..С?Р.Р.Р?Р?С? С?Р?С.РёР?РёР? С?С?Р?Р?" Что-то здесь не так?
2. почему после head(data) выводится только 6 переменных?
Дошла до части второй Вашего поста. Ввела все как указано вот что получила: > names(data)[1] "номер" "кол.во" "средний.размер" "мтс1"
Ошибка: неожиданный строковая константа в "names(data)[1] "номер""
Еще раз спасибо за Ваш нелегкий труд


1. В моем файле все в UTF-8. Очевидно под виндовс используется другая кодировка по умолчанию. Попробуйте так

Код
data <- read.csv2("c:\\имя _папки_с_данными_на_диске_С\\кол-во-размер-рецидив.csv", fileEncoding = "UTF-8" )


2. Возможно это следствие несовпадения кодировки, попробуйте на вновь импортированных данных.
p2004r
Цитата(DrgLena @ 16.11.2011 - 21:40) *
Для посчитанных мною по вашим коэффициентам, приведенным выше, значение площади ROC максимально=0,85, по приведенным вами вероятностям, чуть ниже 0,83. А по моей модели учитывающей только число и макс размер 0,79. Статистически площади на различаются.


Отличная библиотека для работы с ROC, развитая графика

http://web.expasy.org/pROC/

встроенный бутстреп используется легко и непринужденно smile.gif

Код
> library(pROC)
> a<-roc(data$рецидив.до.года, read.csv2("predict.csv")[,2])

> plot(a)

> ci.auc(a, boot.n=10000)
95% CI: 0.7322-0.9233 (DeLong)

> ci.se(a, boot.n=10000)
Loading required package: tcltk
Загружаю интерфейс Tcl/Tk... готово
95% CI (10000 stratified bootstrap replicates):
  sp  se.low se.median se.high
0.0 1.00000    1.0000  1.0000
0.1 0.98740    0.9969  1.0000
0.2 0.97270    0.9937  1.0000
0.3 0.94000    0.9906  1.0000
0.4 0.80300    0.9851  1.0000
0.5 0.72730    0.9154  1.0000
0.6 0.68480    0.8182  0.9864
0.7 0.64050    0.7727  0.8982
0.8 0.54850    0.7091  0.8485
0.9 0.05114    0.6015  0.7631
1.0 0.00000    0.0000  0.6364

> ci.sp(a, boot.n=10000)
95% CI (10000 stratified bootstrap replicates):
  se sp.low sp.median sp.high
0.0 1.0000    1.0000  1.0000
0.1 0.8889    0.9630  1.0000
0.2 0.8889    0.9630  1.0000
0.3 0.8519    0.9630  1.0000
0.4 0.8148    0.9274  1.0000
0.5 0.8148    0.9259  1.0000
0.6 0.7556    0.9048  1.0000
0.7 0.5580    0.8112  0.9585
0.8 0.4111    0.6444  0.8691
0.9 0.3352    0.5136  0.6963
1.0 0.0000    0.0000  0.5926

> ci.thresholds(a, boot.n=10000)
95% CI (10000 stratified bootstrap replicates):
thresholds sp.low sp.median sp.high se.low se.median se.high
       -Inf 0.0000    0.0000  0.0000 1.0000    1.0000  1.0000
  0.3723259 0.2593    0.4444  0.6296 0.9545    0.9848  1.0000
  0.6950756 0.5185    0.7037  0.8519 0.6818    0.7879  0.8788
  0.8096497 0.8148    0.9259  1.0000 0.4697    0.5909  0.7121
  0.9343796 0.8889    0.9630  1.0000 0.2273    0.3333  0.4394
        Inf 1.0000    1.0000  1.0000 0.0000    0.0000  0.0000

sens.ci <- ci.se(a, specificities=seq(0, 1, .1))
     plot(sens.ci, type="shape", col="lightblue")

sens.cp <- ci.sp(a, specificities=seq(0, 1, .1))
     plot(sens.cp, type="shape", col="blue")

     plot(sens.cp, type="bars")
     plot(sens.ci, type="bars")
Для просмотра полной версии этой страницы, пожалуйста, пройдите по ссылке.
Форум IP.Board © 2001-2025 IPS, Inc.